Проголошення незалежності України і розбудова національної державності створили принципово нові умови для розвитку всієї системи освіти, в тому числі й вищої, поставила перед педагогами і науковцями якісно нові завдання. Необхідно було створити для мешканців області можливості для здобуття ширшої, грунтовнішої освіти на рівні сучасних світових стандартів, забезпечити яку міг лише класичний університет. Саме тому за ініціативою і проханням колективу навчального закладу 26 серпня 1992 р. Перший Президент України Леонід Кравчук підписав Указ про створення на базі Івано-Франківського державного педагогічного інституту – Прикарпатського університету імені Василя Стефаника. На той час навчальний заклад за своїм науковим потенціалом давно вийшов на одне з провідних місць серед педагогічних закладів України.
Розвиток навчального закладу в статусі університету набрав неабияких обертів. Уже 1998 р. створено низку нових факультетів: серед них – Факультет природничих наук. Було введено нові спеціальності, дефіцит фахівців з яких гостро відчувався в регіоні, зокрема – “Хімія” та “Біологія”.
У 2004 році на базі природничого факультету був створений Інститут Природничих Наук. Інститут готував фахівців за спеціальностями «Хімія», «Біологія», «Агрохімія і ґрунтознавство» (денна і заочна форми навчання), «Лісове господарство» , «Екологія, охорона навколишнього середовища та збалансоване природокористування» (денна форма навчання). Термін навчання бакалаврів – 4 роки, спеціалістів, магістрів – 5 років. Навчання студентів здійснюється за рахунок коштів Державного бюджету України і на умовах контракту. Свою діяльність з підготовки фахівців інститут здійснює спираючись на багаторічний досвід підготовки кадрів, послідовно впроваджуючи в життя кращі традиції вітчизняної i зарубіжної університетської освіти, також здійснюється аспірантська підготовка зi спеціальностей: “Хімія твердого тіла”, “Хімія високомолекулярних сполук”, “Неорганічна хімія”, “Екологія та охорона навколишнього середовища”, “Ботаніка”, “Фізіологія людини і тварин”, “Землеробство”, “Біохімія”.
У 2018 році Інститут природничих наук знову переіменовано на Факультет Природничих наук ПНУ , який невтомно функціонує і до цього часу.
На цей момент підготовка фахівців здійснюється на шести кафедрах:
